Los mercados virtuales pueden funcionar tanto como sitios de subastas especializadas, o bien como centrales de compra en las cuales diversos usuarios de un mismo sector pueden llevar a cabo sus adquisiciones de determinados productos.

Existen distintas maneras de gestionar el e-market, por ejemplo por agregación, donde las compras de artículos de varios demantantes estan reunidos en un solo pedido, de manera que se genera un poder de compra capaz de obtener condiciones ventajosas de precio. La segunda, puede ser tipo la bolsa, donde compradores y vendedores de algo concreto cruzan sus ofertas hasta producir un matching entre ambos, este modelo es parecido al método del mercado bursátil, en cuanto a demandantes y demanda se refiere. Otras formas de e-markets son los catálogos y las subastas. En el modelo de catálogo, un determinado vendedor muestra su catálogo de productos, con sus respectivos precios, especificaciones y términos de entrega. El modelo de subasta se basa en la necesidad de las empresas de rematar excesos de inventario, saldos de temporada u otros, a través de un mecanismo electrónico.

Todo esto, implica una reducción significativa de los costos de búsqueda, análisis y transacción. La compleja trama de compradores y vendedores se reduce a una plataforma común que proporciona el precio más conveniente en el menor tiempo posible.

Aunque las comisiones por transacción son la principal fuente de ingresos de estos mercados virtuales, varios explotan además la publicidad y el procesamiento de información recogida de los propios clientes, así como una oferta completa de servicios relacionados, como por ejemplo, transporte de los productos adquiridos y medios de pago, entre otros.